La breve audiencia se llevó a cabo ante el tribunal militar de Jaffa, cerca de Tel Aviv, añadió.
El soldado, un tirador de elite cuya identidad no fue revelada, está acusado de homicidio.
Es el primer proceso contra un soldado israelí acusado de matar a civiles palestinos durante la operación "Plomo endurecido", efectuada en la franja de Gaza del 27 de diciembre de 2008 al 18 de enero de 2009.
Según testigos palestinos, las dos mujeres formaban parte de un grupo de civiles que enarbolaban banderas blancas después de que su casa hubiese sido bombardeada con un obús de tanque israelí.
El caso, revelado por la ONG israelí de derechos humanos B'Tselem, figura en el informe del juez Richard Goldstone, nombrado por la ONU para investigar los crímenes de guerra cometidos durante la Operación "Plomo endurecido".