"Ahora tenemos 40 cadáveres en la morgue", informó la fuente, que dijo que cree que todas las víctimas son estudiantes de la facultad de Agricultura de Gujba, a unos 30 km de Damaturu, capital del estado de Yobe, que fueron asesinadas mientras dormían.
Otras cuatro personas están siendo tratadas por heridas de bala, añadió la misma fuente que pidió permanecer en el anonimato.
El ataque comenzó a primera hora del mañana, cuando "terroristas de Boko Haram entraron en la escuela y abrieron fuego contra los estudiantes" cuando dormían, indicó Lazarus Eli, un portavoz militar de Yobe.
Cientos de personas "se agolpaban en el hospital", muchos de ellos familiares de los estudiantes, para saber si sus allegados se encuentran entre las víctimas, añadió la fuente del hospital.
Boko Haram, cuyo nombre significa "Educación occidental está prohibida", ha matado a cientos de personas en cuatro años de insurgencia.
El grupo integrista ha perpetrado una serie de ataques contra escuelas y universidades del estado de Yobe, matando a cientos de estudiantes de diferentes edades.