La misa comenzó poco después de las 13H00 (10H00 GMT) en la iglesia caldea de San José, en el barrio comercial de Karrada, cerca de la catedral de Sayidat al-Najat (Nuestra Señora del Perpetuo Socorro), donde se produjo la masacre.
"Vinieron a la iglesia para rezarle a Dios y para cumplir con su deber religioso, pero la mano del diablo entró en este lugar de culto para matar", dijo en su homilía el más alto dignatario cristiano iraquí, el cardenal Emmanuel III Delly, jefe de la iglesia caldea.
Sólo siete ataúdes estaban en el edificio al comienzo del oficio, pero éste se vio interrumpido varias veces por la entrada de otros ocho, largamente aplaudidos por las 700 personas reunidas en la iglesia, decorada con numerosas coronas de flores, según constató un periodista de la AFP.
Según una fuente del ministerio del Interior, 46 fieles murieron y 60 resultaron heridos en el ataque el domingo por la tarde. Siete miembros de las fuerzas de seguridad murieron en el asalto posterior.
Las oraciones por las víctimas del ataque, uno de los peores cometidos contra los cristianos en Irak, se vieron cubiertas por los sollozos de los familiares.
"No tenemos miedo de la muerte ni de las amenazas", advirtió el cardenal, después de que muchos cristianos dijeron desde el domingo que quieren abandonar Irak. "Somos los hijos de este país y permaneceremos en Irak junto con nuestros hermanos musulmanes para glorificar el nombre de Irak", añadió el cardenal.
El conjunto de las confesiones, etnias y partidos políticos iraquíes estaban representados en el funeral.
El gobierno iraquí anunció por su lado este martes que sancionará a los responsables de la seguridad del barrio de Bagdad en el que se produjo el ataque.
"El gobierno atenderá a los heridos, indemnizará a las familias de las víctimas y financiará inmediatamente la reparación de la iglesia", indicó en un comunicado el portavoz del gobierno, Ali al Dabagh.
Antes de la misa, una procesión acompañó los féretros de los dos sacerdotes asesinados el domingo -el padre Wasim Sabih, de 27 años, y el padre Athir, de 32- hasta la iglesia de San José.
Según algunos supervivientes, un comando fuertemente armado asaltó la catedral el domingo poco después de empezar la misa.
El padre Athir "estaba rezando y leyendo un pasaje de la Biblia cuando llegaron los hombres armados", dijo el tío del sacerdote, Salem Ablahad Boutros, citando el testimonio de los supervivientes.
"Dijo: 'mátenme a mí, pero dejen a los fieles en paz'", añadió el tío del sacerdote.
Testigo del ataque, un joven de 24 años contó cómo siguió la escena: "los hombres armados le dijeron: 'conviértete al islam, porque de todas formas vas a morir' y le dispararon en la cabeza".
El martes, el más influyente dignatario chiita iraquí, el ayatolá Alí Sistani, unió su voz a las condenas que este ataque ha suscitado en Irak y en el extranjero.
El ataque podría reducir aún más la comunidad cristiana iraquí, que pasó de 800.000 fieles a 500.000 desde comienzos de 2003.