Unos 38.000 estudiantes están matriculados en esas instituciones, que fueron cerradas en un operativo a nivel nacional desde la medianoche del miércoles, según la Secretaría de Educación Superior, Ciencia y Tecnología (Senescyt).
En los accesos fueron puestos sellos de papel con la inscripción "suspendida por falta de calidad académica".
El titular de la Senescyt, René Ramírez, anunció un "plan de contingencia" que prevé ayuda para que los alumnos se inscriban en otras universidades, y la posibilidad de que los de último año terminen sus estudios en los claustros intervenidos, los cuales quedaron a cargo de un administrador temporal.
"La universidad no se reabre sino que se inicia un proceso de suspensión definitiva, que durará un año, hasta dejar todo en orden", dijo Ramírez al canal Teleamazonas.
A fines de 2009, el gobierno del presidente Rafael Correa inició una evaluación de cerca de 70 universidades, clasificándolas de la A a la E.
En esta última categoría quedaron 29 instituciones que no pasaron las pruebas, las cuales, 18 meses después, fueron sometidas a un nuevo examen que reprobaron 14 de ellas.
Correa, que antes de ser presidente se desempeñaba como profesor de economía, sostiene que la evaluación busca poner fin a las "universidades de garaje" que engañan a los estudiantes porque no cumplen con los estándares de calidad.
La iniciativa forma parte de un programa que según el gobierno apunta a la "excelencia académica", el cual incluye becas para pregrados, maestrías y doctorados en las mejores universidades extranjeras, con una inversión promedio de 250.000 dólares por alumno.
El plan ha beneficiado a unas 1.000 personas, y este año el Ejecutivo prevé invertir unos 180 millones de dólares adicionales.