"Veintitrés personas han muerto en la región de Och", declaró el ministerio. Más de 300 resultaron heridas, dijo la misma fuente.
Un balance anterior situaba en 17 el número de muertos y 200 el de heridos.
El gobierno provisional de Kirguistán decretó el viernes el Estado de emergencia y el toque de queda en Och, tras nuevos incidentes violentos.
La embajada estadounidense en Kirguistán, que dispone en el país de una base militar esencial para su tropas en Afganistán, llamó el viernes a la calma.
"La embajada de Estados Unidos en Biskek está profundamente entristecida por el anuncio de heridos y pérdidas humanas en las violencias en Och (sur). Llamamos a todo el mundo a resolver las diferencias de forma pacífica y respetuosa del Estado de derecho", indicó en un comunicado.
"La violencia no es una alternativa aceptable", añadió la embajada.
Más de dos meses después de un levantamiento que dejó 87 muertos en Biskek, la capital, y derrocó al régimen del presidente Kurmanbek Bakiyev, las tensiones actuales ponen de manifiesto las dificultades de las autoridades provisionales para restablecer el orden.
Estos incidentes ocurren unas dos semanas antes de un referendo sobre la Constitución kirguisa previsto el 27 de junio.