Se trata de la primera explosión de violencia con víctimas fatales desde la muerte de 42 personas el pasado mes en enfrentamientos similares, poco antes de las elecciones que se realizaron el 28 de noviembre, donde se impusieron claramente los partidos islamistas.
Dos personas murieron por bala en los choques en las inmediaciones de la sede del gobierno, que continuaban por la noche, entre manifestantes y fuerzas de seguridad, dijo a la AFP un funcionario del Ministerio que solicitó el anonimato.
La televisión estatal, citando el ministerio, dio cuenta de 220 heridos.
Luego de una serie de cargas de las fuerzas de seguridad armados con porras y escudos, varios centenares de manifestantes bloqueaban una de las principales avenidas que conducen a la plaza Tahrir, epicentro de las protestas contra Hosni Mubarak derrocado en febrero y contra el poder militar que lo sucedió.
Los enfrentamientos comenzaron por la mañana, luego de que un manifestante ensangrentado relatara que fue detenido y apaleado por los soldados, lo que provocó la cólera de sus camaradas que comenzaron a apedrear a los militares, indicó uno de los testigos, Mustafá Sheshtaui.
Los manifestantes también lanzaron cócteles molotov, según corresponsales de la AFP en el lugar.
Gritaron eslóganes hostiles al Consejo Supremo de las Fuerzas Armadas (CSFA), que dirige el país, y contra el mariscal Husein Tantaui, jefe de Estado.
Los manifestantes acampan desde el 25 de noviembre delante de la sede del gobierno, a unos metros de la plaza Tahrir en el centro de la ciudad, para protestar contra el nombramiento por el ejército de Kamal al Ganzuri, ex primer ministro del derrocado presidente Hosni Mubarak, para dirigir el gobierno. Reclaman además que se entregue el poder a una autoridad civil.
Según un comunicado publicado por la agencia oficial MENA, el poder militar responsabilizó a los manifestantes por la violencia y desmintió que los militares hayan intentado dispersar a los manifestantes.
"Aunque la manifestación sea ilegal, ¿necesitaban dispersarla de una manera tan salvaje y brutal? ¿Quien cometió la mayor violación a la ley y la humanidad?", se indignó el potencial candidato presidencial Muamad elBaradei en la red social Twitter.
El partido de la Libertad y la Justicia (PLJ), ligado a los Hermanos Musulmanes y que encabeza todos los escrutinios, condenó en un comunicado oficial "la agresión contra los manifestantes y la tentativa de dispersarlos" apelando a las armas.
Los partidos islamistas son favoritos también para la segunda fase de las elecciones legislativas, que se realizarán el miércoles y jueves en un tercio del país. En la primera fase, el PLJ y el partido La Luz-AnNur (fundamentalistas salafistas) encabezaron el escrutinio con 36% y 24% de los votos, respectivamente.