Moon, que fue hospitalizado el mes pasado por una neumonía, falleció pasadas las 02H00 locales (17H00 GMT del domingo), indicó el portavoz del reverendo a la AFP.
La secta había informado el viernes pasado que su fundador padecía una disfunción crítica de sus órganos vitales que había obligado a colocarlo en tratamiento intensivo. El sábado los doctores indicaron que Moon ingresó "en un estado irreversible de su condición".
El reverendo Moon había sido trasladado la semana pasada del hospital St Mary de Seúl, adonde había sido ingresado a mediados de agosto en terapia intensiva, a un centro médico perteneciente a la secta en el este de la capital coreana.
"Estaba agotado los últimos meses ya que, a pesar de su edad, viajó todos los meses a Estados Unidos", explicó a la AFP un portavoz de la Iglesia de la Unificación confirmando la noticia de su fallecimiento, anunciada por la agencia surcoreana Yonhap.
Moon, surcoreano, nació en una familia de agricultores de lo que hoy es Corea del Norte. El reverendo dijo que a los 15 años tuvo una visión de Jesús que le encomendó que completara la misión interrumpida por la crucifixión.
Rechazado por las iglesias protestantes coreanas, Moon fundó en Corea del Sur su propia iglesia, la "Iglesia de la Unificación", en 1954. Es una de las comunidades religiosas más controvertidas del mundo y muchos países la consideran como una secta.
La organización reivindica tres millones de seguidores en unos 200 países que lo llaman "el Verdadero Padre" y lo consideran como "el único Mesías de la historia humana".
Sus enseñanzas están basadas en la Biblia pero con nuevas interpretaciones que fueron condenadas como heréticas por algunas organizaciones cristianas.
El movimiento es célebre por sus ceremonias nupciales que reagrupan a miles de parejas, la última fue organizada en Corea del Sur en marzo de este año.
La secta afirma que evangeliza en unos 200 países y su vasto imperio económico abarca desde el sector de la construcción a la educación, la alimentación, la ingeniería o la prensa, posee entre otros el Washington Times.
En 1991 Moon se reunió con el entonces líder norcoreano Kim Il-Sung en Pyongyang. Desarrolló negocios en Corea del Norte a través de una firma asociada a la secta, Pyeonghwa (Peace) Motors, que desde 1999 se dedica a la construcción de automóviles en el norte de la península.
El reverendo tenía 14 hijos y muchos de ellos trabajan activamente en su imperio. Hyung Jin Moon, el menor de los siete hijos, lo sucedió en 2008 con 28 años de edad al frente del movimiento.