Escrutados el 80% de los sufragios, Basuki Tjahaja Purnama, apodado Ahok, lograría sólo entre el 41 y el 43% de los votos frente a los 56-57% del exministro de Educación, el musulmán Anies Baswedan, según varios institutos de sondeo.   
Estas elecciones se consideran como una prueba para la tolerancia religiosa en Indonesia, el país musulmán más poblado del mundo, donde, en los últimos meses, los conservadores han aumentado su influencia frente a la visión tradicionalmente moderada del islam.
En los últimos meses, los partidarios de un mayor rigor religioso han celebrado manifestaciones masivas contra el gobernador cristiano, imputado por blasfemia. 
Los comicios también son escenario de un enfrentamiento entre los grandes actores políticos del país que consideran el influyente puesto de gobernador de la capital de 10 millones de habitantes como un trampolín con vistas a las elecciones presidenciales de 2019. 
Unos 7,2 millones de electores, en su mayoría musulmanes, estaban convocados a las urnas para la segunda vuelta de esas elecciones, y más de 60.000 miembros de las fuerzas de seguridad fueron movilizados para la ocasión. Los resultados oficiales se conocerán a primeros de mayo. 
A pesar de las protestas relacionadas con el caso de blasfemia, Ahok, de 50 años, había encabezado la primera vuelta del 15 de febrero, con el 43% de los votos, mientras que su rival, Anies, de 47 años, había obtenido 40%. 
Pero Ahok quedó en una situación precaria. El tercer candidato, Agus Yudhoyono, hijo de un expresidente y también musulmán, logró un 17% de los votos y, aunque no dio ninguna consigna para la segunda vuelta, sus electores parecen haber elegido a Anies. 
Ahok, el primer gobernador no musulmán en el último medio siglo y el primero procedente de la minoría china, cederá probablemente el puesto al que había accedido en 2014, a raíz de la elección como presidente de su predecesor Joko Widodo, del que era entonces un adjunto muy popular. 
 

- Partidarios de un mayor rigor -

 
Ahok, un político conocido por su franqueza, calificó en septiembre de errónea la interpretación que hacían algunos ulemas (teólogos musulmanes) de un versículo del Corán que afirma que un musulmán sólo puede elegir un dirigente de su religión. Sus declaraciones provocaron una ola de protestas en un país donde el 90% de la población profesa el islam. 
Sus palabras fueron instrumentalizadas por los islamistas partidarios de un mayor rigor religioso y los musulmanes más conservadores, aunque varios expertos denunciaron motivaciones políticas. A finales de 2016, el gobernador fue imputado por blasfemia, un delito castigable con hasta cinco años de cárcel. El jueves se conocerá la pena exigida por la acusación. 
Ahok se hizo popular por su lucha contra la corrupción, un problema muy común entre los funcionarios, y por haber emprendido reformas en Yakarta, una metrópoli saturada y desorganizada. 
Durante la campaña, después de la primera vuelta, su rival musulmán suscitó críticas por reunirse con dirigentes islamistas conservadores para aumentar sus posibilidades de éxito. 
Para el analista Tobias Basuki, estos comicios se resumen como una lucha entre "el pluralismo en Indonesia y un nuevo tipo de islam político promovido por islamistas partidarios de un mayor rigor".