En los meses previos a la elección, cuya primera vuelta se celebrará los próximos miércoles y jueves, los islamistas sufrieron reveses y protagonizaron varios giros, que empañaron su imagen ante muchos egipcios.
La situación se complica aún más con las divisiones entre los islamistas, con la candidatura de un disidente de los Hermanos Musulmanes, Abdel Moneim Abul Futuh.
El candidato de los Hermanos Musulmanes, un ingeniero de 60 años, Mohamed Morsi, se ganó el apodo de "rueda de recambio" entre sus detractores, por haber reemplazado de improviso al candidato inicial del partido, Jairat al Shater, apartado de la elección por una vieja condena.
Así, los Hermanos Musulmanes "han creado por sí solos las condiciones de estar en dificultades", según Michael Wahid Hanna, del centro estadounidense de estudios The Century Foundation.
Inicialmente, los islamistas prometieron incluso no presentar un candidato a la presidencia. Su cambio de opinión contrarió a muchos.
Su tentativa de dominar la futura comisión encargada de redactar la Constitución, criticada por la Iglesia Copta y por la influyente institución sunita de Al Azhar, también ha tenido mal efecto en la opinión pública.
Y su juego alternativo de connivencia y de enfrentamiento con los militares que dirigen el país desde la caída del presidente Hosni Mubarak en febrero de 2011 tampoco le han hecho bien a la imagen del partido islamista.
Su incapacidad de influir en la composición del gobierno de transición, nombrado por el ejército, ha demostrado la debilidad del Parlamento en el que son mayoritarios.
"Mucha gente tiene la impresión de que los Hermanos no son capaces de lograr nada, que son unos figurantes y a fin de cuentas añaden confusión", según Hanna.
Los Hermanos Musulmanes, mientras tanto, han multiplicado las manifestaciones masivas, para probar que siguen siendo la primera fuerza política del país.
Su principal baza es su red disciplinada de cientos de miles de militantes, implicados desde hace décadas en la vida local y la acción caritativa.
Su lema es "la defensa de la revolución", en peligro según ellos por las candidaturas a la presidencia de figuras procedentes del ex régimen de Mubarak, como su último primer ministro, Ahmed Shafiq, o su ex canciller Amr Musa.
"Nuestro candidato tiene muchas posibilidades", aseguró en la televisión un diputado de los Hermanos Musulmanes, Mohamed Diab.
"Nuestros jóvenes van a todas las casas, se dirigen a todos, cristianos y musulmanes, para convencer de las ventajas de nuestro programa y de nuestra capacidad de cumplirlo", aseveró.
Los Hermanos piden también un voto coherente, que ponga en la presidencia a una persona del mismo signo político que la mayoría parlamentaria. "Está claro que el ejecutivo y el legislativo deben cooperar", destaca un miembro de la oficina ejecutiva del partido islamista, Mahmud Ghozlan.
Aunque Morsi se presente como el único candidato con un programa islamista, la candidatura de Abul Futuh, ex dirigente de los Hermanos excluido el pasado año, le hace una fuerte competencia, ya que podría llevarse muchos votos de los jóvenes Hermanos Musulmanes, los salafistas e incluso los jóvenes laicos y educados que encabezaron la rebelión contra Mubarak.
"Abul Futuh tiene un programa de referencias islamistas, pero puede ser el presidente de todos los egipcios. Tiene el apoyo de islamistas, pero también de liberales", destaca Mohamed Nur, dirigente del principal partido salafista Al Nur, que lo apoya.