Como se anticipaba, los votantes por el 'No' fueron amplia mayoría, un 98,3% del total, pero solo acudió a las urnas el 39,8% de los ocho millones de inscritos, lo que invalida el resultado.
De 8,22 millones de electores, 3,22 millones dijeron no a las cuotas de refugiados.
Tras conocerse el resultado, el primer ministro Viktor Orban dijo que la Unión Europea "no podrá imponer su voluntad a Hungría" en materia de inmigración.
"Bruselas no podrá imponer su voluntad a Hungría", añadió el dirigente conservador en un discurso, y subrayó que desea "hacer comprender a Bruselas que no pueden ignorar la voluntad de 99,2% de los electores".
Por su parte, el vicepresidente del partido gobernante, Gergely Gulyas, dijo que el resultado es "una victoria para quienes rechazan el plan de reubicación, quienes creen que solo pueden permanecer los Estados nación y creen en la democracia".
El resultado no va a evolucionar el domingo por la noche, pues la mayoría de los sufragios que falta por escrutar provienen del voto por correspondencia, y se conocerán la próxima semana.
Anticipando desde hace unos días una posible victoria contrariada por la abstención, el conservador Orban siempre reiteró que la prioridad era el porcentaje logrado por el 'No'.
Los electores estaban convocados para responder a la pregunta: "¿Quiere que la Unión Europea decrete la reubicación obligatoria de ciudadanos no húngaros en Hungría sin la aprobación del Parlamento húngaro?".
Los colegios electorales abrieron a las 06H00 locales (04H00 GMT) y cerraron a las 19H00 (17H00 GMT).
Unos 400.000 migrantes transitaron por Hungría en 2015, la mayor parte de ellos antes de que se instalaran las alambradas en las fronteras serbia y croata. 
Orban se opone a la voluntad de la Unión Europea (UE) de que los Estados miembros acepten cuotas para la acogida de refugiados.
"Estoy orgulloso de que seamos los primeros [en Europa] en responder a esta cuestión en las urnas, incluso si estamos desgraciadamente solos", declaró Orban cuando acudió a votar, hacia las 09H00 (07H00 GMT) en Budapest.
"Que nadie me diga que todos esos migrantes huyen de la guerra", soltó Zoltan, un abogado de 38 años, que votó "no", mientras que una pareja de unos 70 años confió haber hecho lo mismo, "con el dolor de su corazón" pero por la "seguridad de [sus] hijos". 
Budapest no propuso de momento ninguna plaza para los refugiados. En un artículo de opinión publicado el sábado y destinado a movilizar a los partidarios del "No", Orban estimó que los húngaros tienen "el deber" de ayudar al gobierno a combatir las decisiones de la "élite de Bruselas".
"Con el referéndum, podemos enviar un mensaje a cada europeo: decirles que depende de nosotros, de los ciudadanos europeos, hacer que la UE entre en razón, con un esfuerzo común, o dejarla desintegrarse", subrayó el dirigente. 
La Comisión Europea afirma que la consulta no tendrá ningún impacto jurídico en los compromisos adoptados. 
"Los Estados miembros tienen la responsabilidad legal de aplicar las decisiones tomadas", recordó el comisario para Asuntos de Migración, Dimitris Avramopoulos. 
En la práctica, el plan para repartir entre los miembros de la UE a 160.000 solicitantes de asilo, adoptado hace un año, casi no se implementa. Sólo unos miles de refugiados llegados sobre todo a Grecia fueron "reubicados" en otros países de acogida.
 

- 'Juego peligroso' -

 
En Bruselas, los responsables europeos temían que la consulta húngara asestara un nuevo golpe a la UE, ya maltrecha por la crisis migratoria y el Brexit.
"Si se organizan referendos sobre cada decisión de los ministros y del Parlamento Europeo, la autoridad de la ley está en peligro", advirtió hace unos meses Jean-Claude Juncker, presidente de la Comisión Europea. El presidente del Parlamento Europeo, Martin Schulz, denunció por su parte el domingo un "juego peligroso". 
El partido conservador Fidesz gobierna en Hungría desde 2010 y su único verdadero rival es el partido de ultraderecha Jobbik.