"En Rusia hay 654 organizaciones no gubernamentales que -como ha sido demostrado- reciben financiación extranjera", dijo Putin en una entrevista a la cadena de televisión pública alemana ARD, poco antes de su visita a Alemania y a Holanda del 7 y 8 de abril.
"Es una red por toda Rusia, incluso en sus regiones", dijo el presidente ruso citado por los servicios de prensa del Kremlin.
Según Putin, en los cuatro meses tras la adopción de una ley que impone controles estrictos a las ONG que reciben dinero del extranjero, las organizaciones recibieron 28.300 millones de rublos (unos 688 millones de euros).
"¿Acaso nuestra sociedad no tiene derecho a saber quien recibe este dinero y con qué objetivo?", dijo el presidente ruso.
Putin también acusó a la cadena ARD de "dar miedo a la sociedad alemana" al hablar de "registros" y "arrestos" que supuestamente habrían tenido lugar durante las inspecciones.
"¿De qué registros hablan? ¿De qué arrestos? Denme un solo nombre. No hay que dar miedo a la gente. Hay que cubrir los hechos de manera objetiva", dijo el presidente ruso.
Las autoridades rusas empezaron en marzo una campaña de verificación de las ONG, entre ellas Memorial, la principal organización de defensa de derechos humanos en Rusia, así como la sede rusa de Amnistía Internacional.
Los controles son la consecuencia de una ley que entró en vigor a finales de 2012 y que obliga a las ONG con financiación extranjera y que ejerzan una actividad política a inscribirse en un registro de "agentes del extranjero".
Por el momento ninguna ONG aceptó inscribirse en este registro. Los responsables de las organizaciones que no cumplan la nueva ley pueden ser condenados a hasta dos años de campo de internamiento.