Esta remplazo ocurre después de que la reputada institución sunita haya sido acusada por sus detractores de no luchar suficientemente contra el extremismo religioso.  
Ahmed Hosni Taha se negó a excusarse el jueves tras haber calificado, en televisión, al reformista del Islam el Behairy de "apóstata" por haber atacado los fundamentos de la ley islámica.
En un comunicado publicado el día siguiente, Al Azhar se mostraba a favor del remplazo de Taha como presidente de la universidad por el gran imán Ahmed al Tayeb, que ya dirige el grueso de la institución de Al Ahzar (incluye escuelas y la universidad). 
Algunos dignatarios religiosos acusan a El Behairy de haber criticado los escritos canónicos sunitas, que considera como una inspiración para los extremistas, así como los manuales de jurisprudencia islámica utilizados en Al Azhar, que contienen, según él, afirmaciones arcaicas sobre la esclavitud, las mujeres y aquellos que no son musulmanes, y que por tanto pueden ser chocantes para los lectores modernos. 
En diciembre de 2015, El Behairy fue condenado a un año de prisión por "insulto a la religión" pero fue liberado tras un perdón presidencial.