Los resultados, que aparecieron en pantallas durante una ceremonia en Jartum, muestran que de los 3.837.406 votos validados, sólo 44.888, o sea 1,17%, eran a favor del mantenimiento de la unidad con el Norte.
"El referéndum ha sido transparente y no tenemos objeciones a esos resultados", declaró el presidente de la comisión del referéndum, Mohamed Ibrahim Jalil.
Este anuncio era una simple formalidad puesto que los resultados preliminares completos publicados el 30 de enero habían indicado ya que el 98,83% de los sursudaneses habían votado por la independencia.
En Juba, centenares de sursudaneses, reunidos cerca del mausoleo de John Garang, líder histórico de la rebelión sudista fallecido en 2005, dieron rienda suelta a su alegría en cuanto se anunciaron los resultados.
"¡Somos libres!", gritó un estudiante, Simon Puoch, en medio de la multitud que enarbolaba banderas, cantaba y bailaba.
"Decían que no lo lograríamos, que la violencia estallaría en Sudán del Sur. Pero ahora bailamos para festejar esta victoria pacífica", recalcó.
El referéndum era un elemento clave del acuerdo de paz que puso fin en 2005 a dos décadas de sangrienta guerra civil entre el Norte, principalmente musulmán y árabe, y el Sur, principalmente cristiano y negro.
La comunidad internacional aplaudió la credibilidad de la votación, pese a los desafíos logísticos.
La jefa de la diplomacia europea Catherine Ashton saludó el "referéndum histórico" y se comprometió a buscar una asociación a largo plazo con el nuevo Estado.
El secretario general de la ONU, Ban Ki-moon, dijo por su parte que el referéndum es un "gran logro" para los sudaneses, según su portavoz Martin Nesirky.
La secretaria de Estado norteamericana Hillary Clinton también expresó su satisfacción por los resultados del referéndum, e instó a las dos partes a tomar las disposiciones necesarias para la aplicación del acuerdo de paz de 2005.
El referéndum tuvo lugar entre el 9 y el 15 de enero, en presencia del presidente sudanés, Omar al Bashir, y del presidente de la región semiautónoma de Sudán del Sur, Salva Kiir.
Salva Kiir subrayó que la independencia del Sur no era "el fin de la ruta porque no podemos ser enemigos. Debemos construir relaciones fuertes", añadió.
Según los términos del acuerdo, la separación efectiva está prevista el 9 de julio. Los responsables nordistas y sudistas disponen ahora de menos de seis meses para ponerse de acuerdo sobre los puntos delicados, como la delimitación de las fronteras, el reparto de los ingresos del petróleo o el estatuto de la disputada región de Abyei.
Habrá que encontrar así una fórmula de reparto de los ingresos petroleros, dado que el 80% de las reservas petroleras del país, estimadas en más de 6.000 millones de barriles, se encuentran en el Sur, pero la región tiene que utilizar el oleoducto que atraviesa el Norte del país para la exportación.
Las dos partes también tienen que llegar rápidamente a un acuerdo sobre el estatuto de los cientos de miles de sudistas que siguen viviendo en el Norte, al igual que los nordistas instalados en el Sur, para evitar acelerar las oleadas de migraciones iniciadas ya.