Una persona murió en Kisumu, un distrito en el oeste de Kenia conocido como bastión de la oposición, informó el funcionario Wilson Njenga.
Los manifestantes saquearon y quemaron tiendas y bloquearon calles, a lo que la policía respondió utilizando gases lacrimógenos.
En Mathare, un suburbio de la capital Nairobi, unas 20 personas resultaron heridas, algunas de ellas de bala, informó la organización Médicos sin Fronteras.
El ministro del Interior, Fred Matiang'i, dijo sin embargo que en el resto del país la situación se mantiene en calma.
La Comisión electoral anunció el viernes que Kenyatta, que lleva en el cargo desde 2013, ganó un segundo mandato con el 54,27 por ciento de los votos frente a los 44,74 por ciento del líder de la oposición Raila Odinga.
Antes del anuncio de los resultados definitivos, representantes de la coalición de Odinga la Super Alianza Nacional (NASA) salieron del centro electoral de Nairobi asegurando que "no iban a formar parte" del anuncio porque sus precupaciones sobre la legitimidad de la votación no habían sido "adecuadamente atendidas".
Las elecciones del martes en Kenia se celebraron bajo la sombra del temor a disturbios, después de que en 2007 muchos seguidores de Odinga denunciaran ya irregularidades tras su derrota. Siguió una ola de violencia que dejó 1.200 muertos.