El teniente Ninsiima Rwemijuma, portavoz regional del ejército, señaló la muerte de "54 asaltantes" y la captura de "40 de sus compañeros", lo que "devolvió la calma a la región", añadió.
"Continuamos el rastreo de la zona en búsqueda de posibles bandidos escondidos", indicó Rwemijuma.
Según el portavoz de la policía ugandesa, Fred Enanga, el balance de los enfrentamientos y de la operación militar del domingo se eleva a 65 muertos, entre ellos, civiles y soldados.
Un balance precedente informaba de unos 50 fallecidos.
Los enfrentamientos empezaron el sábado en las regiones de Kasese y Bundibugyo unas horas después de que el ejército anunciara haber matado a un hombre sospechoso de haber participado en un ataque contra una iglesia hace dos semanas.
En ese ataque, grupos musulmanes decapitaron a una mujer, cuya cabeza depositaron en el altar de la iglesia.
Sin embargo, por el momento se desconocen las causas de estos enfrentamientos en esta región, escenario reciente de combates entre cristianos y musulmanes.