En un discurso televisado, Sisi también prometió "seguir luchando todos los días para liberar a Egipto del terrorismo".
"Estoy delante de ustedes por última vez con un uniforme militar, luego de abandonar mis funciones de ministro y jefe del ejército", dijo, antes de anunciar: "me presento a la presidencia de Egipto".
Sisi es el gran favorito en estos comicios, que tendrán lugar antes del verano boreal y serán los primeros desde que el ejército derrocó el 3 de julio de 2013 al presidente islamista Mohamed Mursi.
Un líder de los Hermanos musulmanes afirmó después que no habrá estabilidad y seguridad en Egipto bajo Abdel Fatah al Sisi.
"No habrá estabilidad o seguridad bajo la sombra de Abdel Fatah al Sisi en la presidencia", dijo Ibrahim Munir, de la oficina política de los Hermanos musulmanes a la AFP, en entrevista desde Londres.
Antes de anunciar su candidatura a la presidencia, Sisi reunió el miércoles al mando militar para presentar "su dimisión".
Edecanes de Sisi ya habían indicado que este último participaría en estos comicios presidenciales.
Desde el derrocamiento de Mursi, las fuerzas de seguridad mataron a más de 1.400 personas, en su gran mayoría manifestantes favorables a Mursi, según la organización Amnistía Internacional.
Al Sisi goza de una creciente popularidad y sus partidarios, que lo comparan con el carismático líder Gamal Abdel Naser, esperaban que se declarara candidato a la elección presidencial.
El mariscal Al Sisi y el también militar Naser -que en los años 50 y 60 se convirtió en el adalid del panarabismo y del movimiento de los No Alineados-, tienen otro punto en común: la sangrienta represión llevada a cabo contra los Hermanos Musulmanes, la influyente cofradía del expresidente islamista Mohamed Mursi, cuyo derrocamiento el pasado julio fue en parte orquestado por Al Sisi.
Pero, contrariamente a Naser, el mariscal Al Sisi, que también ocupa los cargos de ministro de Defensa y viceprimer ministro, habla en los escasos discursos que ofrece en árabe egipcio, en lugar de árabe clásico, y con actitudes muy trabajadas.
Al Sisi, de 59 años, entró al gobierno egipcio durante la presidencia de Mursi, en agosto de 2012. Su designación alimentó las especulaciones sobre la lealtad de la institución militar a los nuevos dirigentes islamistas, a los que antes era hostil.
Días antes de derrocarlo y detenerlo el 3 de julio, los militares lanzaron un ultimátum al presidente Mursi, en respuesta, aseguraban, al deseo de los millones de manifestantes que habían salido a las calles pidiendo su partida.
Frente al fervor popular que genera Al Sisi, muchos pesos pesados de la clase política anunciaron que no se presentarían si Al Sisi era candidato.
Entre ellos se encuentran el ex secretario general de la Liga Árabe Amr Musa, o Hamdin Sabahi, una figura histórica de la izquierda que quedó en tercer lugar en las presidenciales de 2012 y que calificó al general de "héroe popular".
Sin embargo, para los partidarios de Mursi que siguen manifestándose casi a diario, "Al Sisi es un asesino", como escriben en muchos muros de El Cairo.
Nacido en El Cairo en 1954, Al Sisi se diplomó en Ciencias Militares en la Academia Militar egipcia en 1977, antes de estudiar en una academia militar británica en 1992 y de ingresar, como muchos oficiales egipcios, en otra escuela militar estadounidense en 2006.
Allí escribió unas memorias tituladas "La democracia en Oriente Medio" en las que insiste en el papel del islam en la legislación.
Tiene una hija y tres hijos que forman parte del ejército. El mayor de ellos está casado con la hija del actual jefe de la inteligencia militar.