Rodríguez, autor intelectual del golpe militar de 2009, fue denunciado por la comisión del delito ante el Ministerio Público, cuando éste cobraba de Pasa Presidencial desde finales de 2001 la cantidad de 5,300 dólares (más de cien mil lempiras) en “concepto de donación” y que fueron suspendidos en el gobierno de Manuel Zelaya Rosales.
La denuncia la hizo el periodista Esdras Amado López a través de Canal 36, en el instante en que la vocera de los juzgados de la capital manifestó que el "Ministerio Público está solicitando que se de el sobreseimiento definitivo (al cardenal), así que el juez (número 13) tiene que estudiar si procede o no con la petición".
Ante el hecho, televidentes de "Cholusat Sur" han expresado su repudio por el abuso cometido por el titular del Ministerio Público, al estar influyendo para entorpercer el jucio contra el líder de la iglesia católica.
Sin embargo, Rubí hasta la fecha no ha presionado para que se juzguen a los autores materiales e intelectuales del golpe de Estado del 28 de junio de 2009; tampoco ha exigido a sus subalternos para que emitan requerimientos fiscales contra los responsables de los más de 180 asesinatos cometidos durante la dictadura de Roberto Micheletti Baín.