En un breve comunicado, Jodorkovski, que pasó más de 10 años preso, confirmó que pidió un indulto al presidente ruso "debido a circunstancias familiares", pero negó haber reconocido su culpabilidad, como afirmó el Kremlin.
"La cuestión de reconocer mi culpabilidad no se planteaba" en esta demanda, escribió.
Trabajo "entre bambalinas" de Alemania
Jodorkovski agradeció el "papel personal" desempeñado por el exministro alemán de Relaciones Exteriores Hans-Dietrich Genscher en su liberación.
Una foto publicada en internet por un portavoz del exmultimillonario le muestra sonriendo y estrechando la mano de Genscher en un aeropuerto.
El portavoz de Angela Merkel confirmó que la liberación de Jodorkovski fue fruto de la acción de Genscher que "trabajó intensamente entre bambalinas (...) con el apoyo de la canciller y del ministerio de Relaciones Exteriores".
El que fuera presidente de la petrolera Yukos y el hombre más rico de Rusia salió discretamente del campo de detención donde se encontraba en la ciudad de Segezha, en la región de Carelia (noroeste), después de que la víspera Putin anunciara el indulto.
A continuación, voló en un jet privado a Berlín donde aterrizó el viernes por la tarde.
Según testigos que se encontraban en el aeropuerto de Schönefeld, Jodorkovski fue recibido en la pista del aeropuerto y hacia las 15H25 hora local (14H25 GMT) dos vehículos y una escolta policial abandonaron el aeropuerto.
Una portavoz del ministerio alemán de Relaciones Exteriores confirmó su llegada.
Un decreto de Putin
Jodorkovski "fue liberado conforme al decreto del presidente Vladimir Putin", indicó previamente el servicio penitenciario ruso en un comunicado.
"Ha volado a Alemania, donde su madre se está sometiendo a un tratamiento" médico, indicó este servicio.
Sin embargo, Marina Jodorkovskia declaró a la agencia rusa Itar-Tass que se encuentra en Rusia.
"No sé por qué dicen que Mijail se marchó a Alemania para reunirse conmigo. Me trataron allí hace tiempo, pero ahora estoy en la región de Moscú. Mijail no me ha llamado", declaró.
Su esposo Boris Jodorkovski, el padre de Mijail, indicó a Interfax que se enteró de la noticia "por la radio".
Según los medios rusos, Jodorkovskaya padece cáncer.
Este fue el motivo al que Putin se refirió el jueves cuando anunció que había recibido la petición de indulto de Jodorkovski y que la había aceptado.
"Por principios humanitarios, decreto que Mijaíl Borísovich Jodorkovski (...) debe ser liberado de la prisión antes del final de su pena", escribió Putin en un decreto con efectos inmediatos.
Presiones del servicio secreto
De momento, las circunstancias de la liberación están poco claras.
El diario Kommersant afirmó este viernes que los servicios secretos rusos presionaron a Jodorkosvki para que pidiera el indulto. Hasta ahora, se había negado a ello porque equivaldría a reconocer su culpa.
Agentes de los servicios secretos le informaron del mal estado de salud de su madre Marina y le advirtieron de la amenaza de una tercera investigación en su contra, por presunto lavado de dinero, según la misma fuente.
A principios de diciembre, la fiscalía rusa hizo alusión a una nueva investigación contra el expresidente de Yukos.
"Esa conversación, que se llevó a cabo sin sus abogados, obligó a Jodorkovski a escribir al presidente", agregó Kommersant.
Jodorkovski, de 50 años, fue detenido en 2003 y condenado en 2005 a ocho años de prisión por "estafa y fraude fiscal". Esta pena fue ampliada a 14 años en 2010, al cabo de un segundo juicio por "robo de petróleo y blanqueo" de 23.500 millones de dólares. Finalmente la pena fue reducida a 11 años.
Para los defensores de los derechos humanos y muchos observadores extranjeros, Mijail Jodorkovski fue víctima de un ajuste de cuentas organizado por Putin.
Condenado por haber mostrado su independencia y sus ambiciones políticas y haber financiado a la oposición, el caso de Jodorkovski se convirtió en el símbolo de la deriva autoritaria de Rusia.
Según economistas y analistas políticos, el Kremlin busca con esta liberación mejorar su imagen antes de los Juegos Olímpicos de Invierno de Sochi, el próximo febrero.
El principal socio de Jodorkovski, Platon Lebedev, condenado junto a él, debe salir de la cárcel en mayo de 2014. Su abogado ha declarado a la agencia Interfax que abordará con él la posibilidad de pedir también el indulto.