Las nueve personas fueron "ejecutadas" el sábado por la noche en un bar, denunció el alcalde de la capital, Freddy Mbonimpa.
La comunidad internacional teme un conflicto étnico a gran escala, aunque la presidencia del país africano aseguró el sábado que no hay ni "guerra" ni "genocidio".
Los opositores protestan contra la intención del presidente Pierre Nkurunziza de presentarse a un tercer mandato.
En Buyumbura, centenares de policías rodearon el domingo de madrugada el barrio opositor de Mutakura, en el norte de la capital, donde registraron varias casas buscando armas, indicaron testigos.
"La policía empezó la operación de búsqueda de armas en Mutakura", dijo el alcalde Freddy Mbonimpa, asegurando que los registros se efectúan "de manera profesional, porque los policías tienen detectores de armas".
El presidente Nkurunziza había dado a sus opositores hasta el sábado por la noche para "deponer las armas" a cambio de una amnistía y advirtió que luego la policía podría usar "todos los medios" a su disposición.
La oposición, la sociedad civil y una parte de sus partidarios consideran que un tercer mandato es contrario a la constitución y a al acuerdo de Arusha que puso fin a la guerra civil (1993-2006).
El presidente de la vecina Ruanda, Paul Kagame, acusó al gobierno de Burundi de "masacrar a su pueblo" y dijo que la situación recordaba la de su propio país en 1994, cuando un genocidio acabó con la vida de 800.000 personas, en su mayoría de la minoría tutsi, por un gobierno predominantemente hutu.