Rajapakse parecía seguro de su victoria desde que convocó elecciones anticipadas en noviembre, cinco años después de la derrota de los tamiles, que puso fin a un conflicto interno que duró más de 30 años.
Los locales de votación, que permanecerán abiertos durante nueve horas, fueron inaugurados a las 07H00 hora local (01H30 GMT) y en las afueras de los centros había una alta afluencia de personas y algunas filas, por lo que se espera que la participación sea elevada.
Sin embargo, la salida del gobierno del ministro de Salud, que pasó a filas de la oposición y levantó su propia candidatura, marcó el inicio de una campaña dura y sin concesiones y los analistas señalaron que es difícil predecir los resultados.
Rajapakse dijo tras emitir su voto que está confiado.
"Vamos a obtener una victoria contundente, está muy claro", afirmó.
Varios observadores independientes se desplazaron al país para impedir que los votantes sean intimidados, en especial en el norte del país, donde hay una fuerte presencia de los tamiles. Por su parte, Washington llamó a que la elección se desarrolle de manera pacífica y justa.
El gobierno debe asegurar unos comicios "sin violencia y sin intimidación", afirmó la portavoz del Departamento de Estado, Jen Psaki.