El cuerpo de la víctima, Motaz Washaha, de 22 años, fue hallado en el interior de una casa asediada por el ejército israelí, que se disponía a detenerlo, afirmó a la AFP una fuente de seguridad palestina.
El ejército dijo haber matado a "un sospechoso terrorista".
"El sospechoso se encerró en el interior de la casa cuando se le ordenó que se entregase", explicó el ejército en un comunicado, añadiendo que los soldados dispararon con balas reales y que se encontró un fusil de asalto en la vivienda.
El ejército entró en Bir Zeit, al norte de Ramala, este jueves por la mañana y rodeó la casa. Utilizó "medios antidisturbios" para dispersar a los palestinos congregados alrededor del edificio que les lanzaban piedras.
El incidente se produjo el día de la publicación de un informe de Amnistía Internacional que acusa a Israel de haber matado a decenas de civiles palestinos en Cisjordania desde hace tres años haciendo un uso "desproporcionado de la fuerza".
Amnistía pidió a Israel que "abra investigaciones independientes, imparciales, transparentes y rápidas en todos los casos de civiles palestinos muertos o heridos de gravedad como consecuencia de acciones de las fuerzas israelíes".
El ejército israelí acusa al informe de la ONG de haber "ignorado completamente el aumento sustancial" del número de ataques palestinos a sus tropas.