El sacerdote, de 75 años, residía en Siria desde 1966 y fue ejecutado a sangre fría por un desconocido, indicó el Observatorio Sirio para los Derechos Humanos (OSDH).
El secretario de la Orden de los Jesuitas holandesa, Jan Stuyt, confirmó a la AFP que el padre Van der Lugt fue asesinado el lunes por la mañana.
"Un hombre vino a buscarlo, lo sacó de la casa y disparó dos balazos en la cabeza, en la calle, frente a su casa", explicó.
A pesar de las condiciones de vida extremadamente difíciles y de la penuria de comida, el jesuita había optado por quedarse en la ciudad vieja de Homs, asediada y bombardeada desde hace dos años por las tropas de Bashar al Asad, para testificar de su solidaridad a la población siria.
"Así murió un hombre de paz que, con una gran valentía, en una situación extremadamente riesgosa y difícil, quiso seguir siendo fiel al pueblo sirio al que había dado desde hacía mucho tiempo su vida y su asistencia espiritual", declaró a la AFP el padre Federico Lombardi, portavoz del Vaticano.
"En este momento de gran dolor, expresamos nuestro gran orgullo y gratitud de haber tenido un hermano tan cercano a los que sufrían más", añadió.
Se ignoraba de momento los motivos de este asesinato y Jan Stuyt dijo no saber si el sacerdote había sido amenazado.
La agencia oficial siria Sana informó de su muerte al acusar a un "grupo terrorista armado de haber disparado de madrugada contra el sacerdote en el monasterio de los padres jesuitas en el barrio de Bustane al Diwane en Homs".
"Un árabe entre los árabes"
El padre van der Lugt, quien ha vivido casi cinco décadas en Siria, será enterrado en ese país "de acuerdo con su voluntad", subrayó Stuyt.
En febrero, el padre había declarado a la AFP a través de Skype que consideraba a Siria como su patria.
"El pueblo sirio me ha dado mucho, mucha amabilidad, mucha inspiración y todo lo que poseo. Ahora que sufre debo compartir su pena y sus dificultades", había explicado .
"Soy el único sacerdote y el único extranjero que queda. Pero no me siento como un extranjero, sino como un árabe entre los árabes", había afirmado sonriente.
De las decenas de miles de cristianos que vivían en la ciudad vieja de Homs ya no quedaban más que 66, aseguraba.
"Tenemos muy poca comida. La gente en la calle tiene el rostro cansado y amarillo [...] Hay hambruna pero la gente también tiene sed de una vida normal. El ser humano no es sólo estómago, también tiene corazón, y la gente necesita ver a sus familiares", explicaba.
Unos días después, unas 1.400 personas pudieron ser evacuadas de esa parte de la ciudad, gracias a un acuerdo negociado por la ONU entre el régimen y los rebeldes, que controlan el sector. Pero el padre prefirió quedarse.
El ministro holandés de Relaciones Exteriores, Frans Timmermans, rindió homenaje al sacerdote, quien se había convertido en "un sirio entre los sirios". "Debe poder contar con nuestra contribución para poner fin a esta miseria", lanzó.
Otro sacerdote jesuita, Paolo Dall'Oglio, de 59 años, símbolo del diálogo entre cristianos y musulmanes, está desaparecido en Siria desde hace ocho meses.
Desde el inicio del conflicto en marzo de 2011, han muertos más de 150.000 personas en la violencia en Siria, según el OSDH, y más de nueves millones han tenido que abandonar su hogar, según la ONU.