A las 20H30 locales (17H30 GMT) el papa partió del aeropuerto Ben Gurion de Tel Aviv a bordo de un avión de la compañía israelí El Al con destino el aeropuerto de Ciampino, en Roma.
Poco antes, un incendio intencional se declaró en una de las principales iglesias católicas de Jerusalén, la abadía de la Dormición, cerca del Cenáculo donde Francisco celebró misa.
Un desconocido que entró en la iglesia quemó un libro y varias cruces de madera, dijo el portavoz de la abadía, Nikodemus Schnabel.
En su primer viaje a Palestina, el papa argentino cumplió un recorrido histórico por Jordania, Belén, en Cisjordania, y Jerusalén para predicar con el ejemplo que el diálogo es el único camino para lograr la paz.
Pese a que el Vaticano calificó el viaje de simple "peregrinación", las palabras y sobre todos las acciones de Francisco, tuvieron impacto político.
Francisco, que pronunció 14 discursos y homilías en tres días, evitó en general improvisar en ellos como es su costumbre.
El primer papa latinoamericano, conocido por sus gestos y propuestas novedosas, regresa a Roma con la promesa del presidente israelí Shimon Peres y el líder palestino Mahmud Abas de reunirse --probablemente el 6 de junio-- para orar por la paz en Medio Oriente bajo la Cúpula de San Pedro.
- Audaz iniciativa -
Una audaz iniciativa diplomática del papa argentino para reactivar las negociaciones entre israelíes y palestinos, en punto muerto desde el fracaso de abril de una mediación estadounidense.
"La paz es cuestión de fantasía e inspiración. Tu tienes estos dos elementos. Gracias", le confesó Peres al papa durante el encuentro privado en el palacio presidencial.
Francisco, que inició su periplo por Jordania, donde visitó el lugar tradicional del bautismo de Jesús en el río Jordán y pidió por Siria, se reunió en Cisjordania con líderes palestinos y escuchó el dolor de la población, llegando a tocar el muro de separación.
Durante su última jornada, intensa y emocionante, el papa argentino visitó la Explanada de las Mezquitas, tercer lugar sagrado del islam y el Muro de las Lamentaciones, uno de los más sagrados del judaísmo.
Ante el gran muftí de Jerusalén que lo recibió en la mezquita, Francisco invitó a cristianos, musulmanes y judíos a ser "agentes de paz y justicia".
Se dirigió a las personas y comunidades "que se reconocen en Abraham", es decir en las tres religiones monoteístas.
"Mi peregrinación no sería completa si no incluyera también el encuentro con las personas y las comunidades que viven en esta tierra y por eso me alegro de poder estar con ustedes, amigos musulmanes", dijo el papa al líder religioso musulmán, Mohamed Hussein.
"Respetémonos y amémonos los unos a los otros como hermanos y hermanas", concluyó el papa en la tercera y última jornada de su visita a Palestina.
Luego recorrió un kilómetro para recogerse en silencio varios minutos ante el Muro de las Lamentaciones de Jerusalén.
El papa apoyó la mano sobre el Muro y dejó un mensaje entre las piedras, como es tradición entre los judíos.
Francisco fue recibido en ese lugar sagrado por el gran rabino.
- Homenaje a víctimas del Holocausto -
Como sus predecesores Juan Pablo II (2000) y Benedicto XVI (2009), Francisco colocó un sobre entre las piedras del Muro, vestigio del Segundo Templo de Jerusalén.
El sobre contenía el Padre Nuestro en español, según reveló el portavoz del Vaticano, Federico Lombardi.
La cargada agenda de Francisco incluyó una visita al cementerio nacional de Israel, donde depositó una corona de flores en la tumba del fundador del sionismo, Theodor Herzl, un homenaje que ningún papa había hecho hasta ahora y que irritó a los palestinos.
Fuera de programa, el papa visitó también el monumento en honor de las víctimas civiles de atentados en Israel.
Un gesto que realizó a petición del primer ministro israelí, Benjamín Netanyahu, y que equilibra otro gesto a sorpresa del domingo: el haber tocado con su propia mano el muro de la "vergüenza" que separa Israel de los territorios palestinos.
- Dos amigos argentinos -
En todos los rituales, Francisco ha estado acompañado por dos amigos y compatriotas argentinos, el rabino Abraham Skorka y el profesor musulmán Omar Abboud, un sueño que cultivó con ellos desde que era el arzobispo de Buenos Aires.
El papa visitó a continuación el memorial de Yad Vashem que recuerda a los seis millones de víctimas del Holocausto perpetrado por los nazis durante la Segunda Guerra Mundial.
"Señor, Dios nuestro, sálvanos de esta monstruosidad", dijo tras lo cual besó la mano de seis supervivientes del horror nazi.
Con el ritmo de una oración, rodeado por las enormes piedras del imponente monumento, el papa condenó la "inconmensurable" tragedia del holocausto.
"Nunca más" escribió en el libro de honor.
El jefe de la iglesia católica abogó ante las autoridades israelíes por un libre acceso a los Lugares Santos, abordando uno de los temas de fricción entre el Vaticano e Israel.
Pese a las formalidades y cortesías con el pontífice, las autoridades israelíes aprobaron este lunes la controvertida construcción de 50 nuevas viviendas en un asentamiento cercano a Belén.
Una respuesta indirecta a la denuncia la víspera del presidente palestino Abas ante el jefe de la iglesia católica contra la operación para "cambiar la identidad y el carácter" de Jerusalén Este.
Por otro lado, la Ciudad Vieja de Jerusalén, que contiene monumentos santos para las tres grandes religiones, se encuentra en la parte que las Naciones Unidas no reconocen dentro de los límites de Israel.
El domingo celebró un encuentro "histórico" con el patriarca ortodoxo Bartolomeo I en la iglesia del Santo Sepulcro, en Jerusalén, para sellar simbólicamente la unidad de los cristianos y conmemorar el 50 aniversario del histórico abrazo entre Pablo VI y el patriarca ortodoxo Atenágoras I de Constantinopla, tras 10 siglos del cisma entre Oriente y Occidente.
La visita papal concluyó con una misa en el Cenáculo, donde según la tradición cristiana se llevó a cabo la Última Cena de Jesús con los apóstoles, lugar que alberga también la tumba del rey David, considerada sagrada por los judíos.