El cadáver de Patrick Karegeya, de 53 años, que vivía exiliado en Sudáfrica desde hacía varios años, fue encontrado el miércoles a las 17H30 (15H00 GMT).
"Fue hallado en su habitación de hotel, muerto en la cama. Los primeros elementos de la investigación mostraron que su cuello estaba hinchado. En la caja fuerte del dormitorio se encontraron una toalla manchada de sangre y una cuerda. Es posible que haya sido estrangulado", señaló la policía sudafricana en un comunicado.
"Se abrió una investigación por asesinato", agregó.
El gobierno sudafricano se negó a hacer comentarios.
"Fue estrangulado por agentes de (el presidente ruandés Paul) Kagame", dijo a la AFP Frank Ntwali, un dirigente del partido Congreso Nacional de Ruanda.
Según Ntwali, Karegeya debía asistir a un mitin de su partido en ese hotel, Michelangelo Towers de Sandton, un barrio de negocios de Johannesburgo, donde fue encontrado muerto.
Karegeya fue durante mucho tiempo un colaborador cercano de Kagame, presidente de Ruanda desde el año 2000. Durante una década ejerció como director del servicio secreto exterior, hasta que fue degradado a portavoz del ejército y más tarde detenido y encarcelado.
En 2006 perdió el rango de coronel, y al año siguiente se exilió en Sudáfrica.
Otro disidente ruandés exiliado en Sudáfrica, Faustin Kayumba Nyamwasa, sobrevivió a dos tentativas de asesinato en junio de 2010.
El gobierno ruandés negó firmemente estar implicado en ellos.