El ataque tuvo lugar el lunes durante manifestaciones contra la revista francesa en la ciudad de Bannu, situada en el límite de los bastiones talibanes de la provincia del Khyber Pakhtunkhwa, según las autoridades.
"Un grupo de entre 200 y 300 manifestantes, todo estudiantes, irrumpieron en el instituto Panel saltando al recinto y forzando la puerta de entrada", señaló a la AFP el director de ese establecimiento, Fredrick Farhan Das.
Rompieron cristales, destrozaron una parte de los locales y exigieron el cierre de esa escuela frecuentada por niños de la minoría cristiana, lamentó Farhan Das, que precisó que cuatro estudiantes resultaron levemente heridos.
Los cristianos representan el 2% de la población de Pakistán, el segundo país musulmán más poblado del mundo con 200 millones de habitantes.
El jefe de la policía local, Abdul Rashid Khan, confirmó lo ocurrido a la AFP.
Es la primera vez que manifestantes contra Charlie Hebdo atacan a cristianos en Pakistán, desde la publicación de una viñeta del profeta en portada del último número del semanario francés.
La revista fue víctima de un atentado yihadista en el que murieron 12 personas el pasado 7 de enero en París, en una serie de ataques que dejaron 17 muertos en la capital francesa.
Las protestas contra la revista se han multiplicado en las dos últimas semanas, aunque no consiguieron reunir a mucha gente más allá de los seguidores de los partidos islamistas.
Algunos cristianos de Peshawar, una extensa ciudad del noroeste de Pakistán, también se manifestaron la semana pasada contra el semanario francés, que no está disponible bajo ninguna forma en el país.